-  Yun-Kang Ahn, L'analyse musicale computationnelle, thèse en informatique, Ircam/Université de Paris 6, 2005-2009 (codirection avec Carlos Agon) ( pdf- ) 
-  Emmanuel Amiot, Modèles algébriques et algorithmiques pour la formalisation mathématique de structures musicales, thèse, université de Paris 6 / Ircam, 2010 (codirection avec Carlos Agon) ( pdf- )  
-  Louis Bigo, Représentation symboliques musicales et calcul spatial, thèse de doctorat, université Paris Est Créteil / Ircam, décembre 2013 (codirection avec Olivier Michel et Antoine Spicher)  
-  John Mandereau, Des systèmes d’Intervalles Généralisés aux Systèmes Evolutifs à Mémoire : aspects théoriques et computationnels, thèse de doctorat en mathématiques, en cotutelle Université de Pisa / Université de Paris 6 (co-direction avec F. Acquistapace). En cours : soutenance prévue fin 2014. 
-  Charles De Paiva, Systèmes complexes et informatique musicale, thèse de doctorat, Programme Doctoral International « Modélisation des Systèmes Complexes » (thèse en cotutelle UPMC/ UNICAMP, Brésil avec encadrement de Jean Bresson, IRCAM). En cours : soutenance prévue en 2015. 
-  Mattia Bergomi, Dynamical Systems and Musical Structures (thèse en cotutelle UPMC/LIM Milan, en codirection avec Goffredo Haus. En cours : Date de soutenance prévue fin 2015. 
-  Hélianthe Caure, Pavages en musique et conjectures ouvertes en mathématiques, thèse de doctorat, EDITE (codirection avec Jean-Paul Allouche, UPMC). En cours : soutenance prévue fin 2016. 
-  Emmanuel Deruty, Le modèle Système & Contraste appliqué à la popular music (thèse CIFRE, école doctorale "Arts et Sciences de l'Art" de Louvain-la-Neuve, Belgique, en coencadrement avec Frédéric Bimbot, IRISA. En cours : date de soutenance prévue fin 2017).  
-  Grégoire Genuys, Homométrie et musique, thèse de doctorat en mathématique (codirection avec Jean-Paul Allouche, UPMC). En cours : soutenance prévue fin 2017.